Doktorand inom strukturbioinformatik

Publiceringsdatum: 2024-11-29

Letar du efter en chans att arbeta som doktorand på Linköpings Universitet? Nu är det möjligt. Linköpings Universitet söker efter en ny anställd på heltid under 6 månader eller längre som är redo att ta sin karriär till nästa nivå. För detta jobb är det en fördel om du bor i närheten av Linköping då det är tjänsteorten.

Linköpings Universitet söker för närvarande efter en person att anställa inom doktorand-branschen. Ta en titt på deras lediga tjänst för att se om något av dem passar just dig. Bli en del av Linköpings Universitet genom att ansöka till jobbet som doktorand senast fredag den tjugonde december 2024.

Jobbannons

Vi har kraften från över 40 000 studenter och medarbetare. Studenter som ger framtidshopp. Medarbetare som varje dag bidrar till att Linköpings universitet tar sig an samtidens utmaningar. Vår värdegrund vilar på trovärdighet, tillit och trygghet. Genom att vara modiga, tänka fritt och göra nytt skapar vi tillsammans, med stora och små handlingar, en bättre framtid. Välkommen att söka jobb hos oss!

Björn Forsbergs forskargrupp kommer att rekrytera 1-2 doktorander inom maskininlärning och datorseende för att förbättra metoderna

strukturell bioinformatik av 3D-molekylära representationer.

För mer information om anställningen

https://liu.se/jobba-pa-liu/lediga-jobb/25647

Dina arbetsuppgifter

I den här tjänsten kommer du att använda maskininlärningsmetoder och skräddarsydd feature engineering för att bygga nya metoder som syftar till att förstå komplexiteten hos molekylära livsvetenskaper i 3D. Mer specifikt kommer du att utöka befintliga metoder för att kvantifiera variation i ensembler och genomsnittsavbildningar av molekylära strukturer som protein, och använda etablerade metoder från datorseende mot olösta problem där de inte har använts tidigare. Du kommer att få möjlighet att lära dig och utveckla högpresterande datorlösningar med hjälp av nationell superdatorinfrastruktur och tillämpa dessa metoder storskaligt, för att undersöka ny

biologi. Det finns också möjligheter till nationellt och internationellt samarbete inom både mjukvaruutveckling och tillämpad biologisk forskning, och integrering av t ex AlphaFold.

Som doktorand ägnar du dig åt din forskarutbildning och forskningsprojekt där du ingår. I ditt arbete kan även ingå att undervisa eller att

delta i andra institutionsuppdrag, upp till 20% av heltid.

Dina kvalifikationer

Du har avlagt en masterexamen (eller fullgjort kurser om minst 240 hp) inom antingen beräkningsvetenskap eller matematik, eller med dokumenterad erfarenhet av strukturbiologi eller bioinformatik.

Du förväntas självständigt skriva och utvärdera programvara i python och C++, med hjälp av git för versionshantering, kollaborativ utveckling, testning och distribution. Bevis på erfarenhet (t.ex. via GitHub-profil) är fördelaktigt för dn ansökan. Du förväntas vara uppfinningsrik och självständig, men också transparent och öppen för att både ge och ta emot feedback. Du förväntas leta efter möjligheter att utveckla dina egna färdigheter och intressen och uppmuntras att delta i internationella konferenser, workshops och samarbeten. Utmärkt muntlig och skriftlig kommunikationsförmåga på engelska är obligatoriskt.

Det är fördelaktigt för din ansökan att visa färdigheter eller erfarenhet av datavisualiseringsmetoder (t.ex. klustring, klassificering, djupinlärning, ...), programvaruutveckling (särskilt med hjälp av pytorch, C++, CUDA eller andra HPC-orienterade lösningar), användning av storskaliga data och erfarenhet av en UNIX-miljö. Kunskap om makromolekylär strukturanalys såsom kryo-EM, kristallografi, molekyldynamik eller liknande är fördelaktigt, men inte nödvändigt.

Motivera varför du är intresserad av rollen i din ansökan.

Din arbetsplats

Teamet finns på avdelningen för bioinformatik vid Institutionen för fysik, kemi och biologi (IFM) vid Linköpings universitet, och har stöd av programmet för datadriven life science (DDLS) genom Science for Life Laboratory (SciLifeLab). Detta är ett 12-årigt initiativ finansierat med totalt 3,7 miljarder kronor (~€350M) från Knut och Alice Wallenbergs Stiftelse för att rekrytera och utbilda nästa generations datadrivna biovetare och för att skapa globalt ledande beräknings- och datavetenskapsförmågor inom biovetenskap i Sverige. Programmet är ett nav för tvärvetenskaplig biovetenskap, tvärvetenskapligt arbete och engagemang med industri, hälso- och sjukvård och

andra nationella och internationella partners. Teamet stöder och utnyttjar också den nationella anläggningen för kryo-EM-mikroskopi vid SciLifeLab Solna och Umeå och använder den modernaste superdatorinfrastrukturen i Sverige (Berzelius@NSC). Det finns ett nära samarbete med forskare inom makromolekylär variabilitetsanalys och prediktionsmetoder för proteinstrukturer och ensembler, och med de starka miljöerna för statistik, maskininlärning och datorseende vid Linköpings universitet. Samarbeten sträcker sig också till t.ex. Chan-Zuckerberg Imaging Institute i San Francisco och University of Oxford.

Om anställningen

I samband med tillträde till anställningen kommer du att antas till forskarutbildningen. 

Anställningen är tidsbegränsad till fyra år heltid. Du anställs till en början på ett år, och därefter förnyas anställningen med högst två år i taget, utifrån uppnådd studieplan. Förlängning av anställning upp till fem år sker utifrån grad av undervisnings- och institutionsuppdrag.

Vid särskilda skäl kan ytterligare förlängning ske.

Tillträde enligt överenskommelse, så snart som möjligt.

Lön och förmåner

Doktorandlönen regleras utifrån en lokalt avtalad lönestege.

Läs mer om förmåner för anställda https://liu.se/jobba-pa-liu/formaner.

Fackliga kontaktpersoner

Information om fackliga kontaktpersoner, se https://liu.se/jobba-pa-liu/hjalp-for-sokande.

Ansökan

Välkommen att söka denna anställning senast den 20 december 2024

Vi välkomnar sökande med olika bakgrund, erfarenheter och perspektiv, det berikar och utvecklar vår verksamhet. För oss är det självklart att värna om allas lika värde, rättigheter och möjligheter. Läs om vårt arbete med Lika villkor.

Välkommen med din ansökan!

Linköpings universitet har upphandlade avtal och undanber oss direktkontakt från bemannings- och rekryteringsföretag samt försäljare av platsannonser.